Предприятие работает в круглогодичном режиме.
География работы Томской судоходной компании охватывает Томскую, Новосибирскую, Кемеровскую,Тюменскую области, Красноярский край, Ханты-Мансийский и Ямало-Ненецкий автономные округа, Алтайский край, осуществляет перевозки по Северному морскому пути
Более 400 единиц флота и плавучей механизации позволяют стабильно ежегодно выполнять объемы работ по грузоперевозкам в пределах более 3 миллионов тонн, что закрывает на 100% потребность строительного комплекса Томской области в нерудных строительных материалах.
АО «Томская судоходная компания» оказывает услуги по перевозки грузов по рекам Обь-Иртышского бассейна и Обской губы, осуществляет погрузочно-разгрузочные работы, перевалку грузов, следуемых через порт, с одного вида транспорта на другой, а также перевалку грузов из судна в судно, накопление и хранение грузов в межнавигационный период, комплексное обслуживание флота и морские перевозки.